【專欄】臺灣人體生物資料庫近年釋出成果2021綜整(九) | 社團法人台灣人體生物資料庫學會
(本專欄每周四刊出) 編輯:王澤震 《使用遺傳風險評分方法推
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社團法人台灣人體生物資料庫學會
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【專欄】臺灣人體生物資料庫近年釋出成果2021綜整(九)

【專欄】臺灣人體生物資料庫近年釋出成果2021綜整(九)
學術報導

(本專欄每周四刊出)

編輯:王澤震


  • 《使用遺傳風險評分方法推斷環境因素是減輕還是加劇了候選基因的不利影響[1]。》
  1. 被引用次數:
  2. 作者:
  • Wan-Yu Lin 1 2,
  • Yu-Shun Lin 1,
  • Chang-Chuan Chan 2 3,
  • Yu-Li Liu 4,
  • Shih-Jen Tsai 5 6 7,
  • Po-Hsiu Kuo 1 2

 

  • 1Institute of Epidemiology and Preventive Medicine, College of Public Health, National Taiwan University, Taipei, Taiwan.
  • 2Department of Public Health, College of Public Health, National Taiwan University, Taipei, Taiwan.
  • 3Institute of Environmental and Occupational Health Sciences, College of Public Health, National Taiwan University, Taipei, Taiwan.
  • 4Center for Neuropsychiatric Research, National Health Research Institutes, Miaoli, Taiwan.
  • 5Department of Psychiatry, Taipei Veterans General Hospital, Taipei, Taiwan.
  • 6Division of Psychiatry, National Yang-Ming University, Taipei, Taiwan.
  • 7Institute of Brain Science, National Yang-Ming University, Taipei, Taiwan.

 

  1. 期刊屬性:

《遺傳學前沿》發表了嚴格的同儕評審研究,涉及與人類、植物、牲畜和其他模型生物等生活所有領域有關的基因和基因組。其impact factor與2019/2020為3.360。

 

  1. 研究面向與成果:
  • 背景/目的:據報導,一些候選基因與復雜性狀相關,例如體重指數(BMI)上的脂肪量和肥胖相關(FTO)基因以及血壓水平上的成纖維細胞生長因子5(FGF5)基因。有趣的是要知道環境因素(E)是否可以減弱或加劇候選基因的不利影響。
  • 方法:為此,我們在這裡評估「遺傳風險評分(GRS)」方法檢測「基因與環境的相互作用(G×E)」的性能。在第一階段,根據候選基因中變體的基因型計算GRS。在第二階段,我們測試E是否可以顯著改變GRS效應。這個分為兩步的過程不僅可以為G×E檢驗提供p值,而且可以指導推斷E如何修飾基因的不利影響。通過系統的仿真,我們比較了構建GRS的幾種方法。如果E加劇了基因的不利影響,建議使用由彈性網(ENET)或最小絕對收縮和選擇算子(LASSO)形成的GRS。但是,如果E減弱了基因的不利影響,則ENET或LASSO的性能將受到損害,在這種情況下使用嶺回歸(RIDGE)可能會更有效。
  • 結果:將RIDGE應用於台灣人體生物資料庫中的18424位受試者,我們發現進行定期運動可以減輕FTO基因對四種肥胖的不良影響:BMI(p=0.0009)、體脂百分比(p=0.0031)、腰圍(p=0.0052)和臀圍(p=0.0001)。作為另一個例子,我們使用RIDGE,發現FGF5基因對漢族人的血壓具有更強的影響,腰臀比更高[舒張壓(DBP)為p=0.0013,收縮壓為p=0.0027(SBP)]。
  • 結論:這項研究對GRS方法進行了評估,這對於推斷E是否減弱或加劇候選基因的不利影響非常重要。

 

  • 《2型糖尿病的多發病率、死亡率和HbA1c:一項英國和台灣人群的cohort study[2]。》
  1. 被引用次數:
  2. 作者:
  • Jason I Chiang 1,
  • Peter Hanlon 2,
  • Tsai-Chung Li 3,
  • Bhautesh Dinesh Jani 2,
  • Jo-Anne Manski-Nankervis 1,
  • John Furler 1,
  • Cheng-Chieh Lin 4,
  • Shing-Yu Yang 3,
  • Barbara I Nicholl 2,
  • Sharmala Thuraisingam 1,
  • Frances S Mair 2
  1. 期刊屬性:

《公共科學圖書館:醫學》是一份每週一次的同儕評審醫學期刊,涵蓋醫學科學的各個方面。它於2004年10月19日開始運作,是非營利性開放訪問出版商Public Library of Science的第二本期刊。PLOS Medicine中的所有內容均在Creative Commons「按屬性」許可下發布。其impact factor於2019年為10.500。

  1. 研究面向與成果:
  • 背景/目的:人們越來越關注2型糖尿病(T2D)的多發病率,它可以是一致的(與T2D相關)或不一致的(無關),作為理解T2D中疾病負擔的一種方式。當前的糖尿病指南承認多發病的複雜性,應根據病人的個人臨床需要和合併症進行管理。然而,儘管已在某種程度上研究了多發病率,糖化血紅蛋白(HbA1c)與T2D病人死亡率之間的關聯,但仍存在巨大差距,尤其是在多發病率的不同模式(包括一致和不一致的疾病)方面。
  • 方法:這項研究探討了多發病率(總病情計數/一致/不一致/病情的不同組合),基線HbA1c和T2D的全因死亡率之間的關聯。方法和發現:我們使用英國生物庫(n=20,569)和台灣國家糖尿病護理管理計劃(ndaCMP)(n=59,657)研究了兩個T2D病人的longitudinal cohorts。除了T2D之外,還使用條件的數量來量化總的多發病率,一致和不一致的計數,並且還研究了條件的不同組合的影響。感興趣的結果是基線HbA1c和全因死亡率。
  • 結果:對於英國生物銀行和台灣NDCMP,平均(SD)年齡分別為2(6.8)歲和60.8(11.3)歲。女性為7,579(36.8%)和31,339(52.5%);體重指數(BMI)中位數(IQR)為30.8(27.7,34.8)kg/m2和25.6(23.5,28.7)kg/m2;目前的吸菸者分別為2,197(10.8%)和9,423(15.8)。在兩個數據集中,增加的總和不一致的多發病率計數與較低的HbA1c和死亡率增加相關。在台灣NDCMP中,與僅具有T2D相比有四個或更多附加條件的人,HbA1c的平均差異(95%CI)為-0.82%(-0.88,-0.76)p<0.001。在英國生物銀行中,與沒有合併症的人相比,患有T2D並有一種,兩種,三種和四種或更多種其他疾病的人的全因死亡率的危險比(HRs)(95%CI)為1.20(0.91-1.56)p<分別為0.001、1.75(1.35-2.27)p<0.001、2.17(1.67-2.81)p<0.001和3.14(2.43-4.03)p<0.001。一致/不一致的情況均與死亡率顯著相關;但是,HR在協調條件下最大。那些具有四個或更多個一致條件的人的死亡率是>5倍(5.83[4.28-7.93]p<0.001)。對於所有多發病率計數,NDCMP的人力資源與UKBiobank的人力資源相似。對於那些除了T2D之外還有兩種疾病的人群,在英國生物銀行中與死亡率最相關的前20種組合中有18種是心血管疾病,而在台灣NDCMP中與頂部2種組合中死亡率最高的是心血管疾病。在英國生物銀行中,除了T2D以外,冠心病和心力衰竭的組合對死亡率的影響最大,HR(95%CI)為4.37(3.59-5.32)p<0.001,而在台灣NDCMP中,痛苦狀況和酒精問題的結合對死亡率的影響最大,HR(95%CI)為4.02(3.08-5.23)p<0.001。需要注意的一個局限性是我們在研究期間無法為多發病率的變化建模。
  • 結論:與最高死亡率相關的多發病模式在英國生物銀行(主要由歐洲血統的人組成)與台灣NDCMP(主要是華裔)之間有所不同。未來的研究應探索多種疾病發病率增加與HbA1c降低以及T2D病人死亡率增加之間所觀察到的關係的基礎,並進一步研究不同種族的不同發病率模式的影響。更好地了解這些問題,尤其是條件類型的影響,將可以使護理更加有效地個性化。

 

  • 《台灣人群中喝咖啡和TRIB1 rs17321515單核苷酸多態性與冠心病的相互作用[3]。》
  1. 被引用次數:
  2. 作者:
  • Yin-Tso Liu 1 2,
  • Disline Manli Tantoh 3 4,
  • Lee Wang 4,
  • Oswald Ndi Nfor 4,
  • Shu-Yi Hsu 4,
  • Chien-Chang Ho 5 6,
  • Chia-Chi Lung 4,
  • Horng-Rong Chang 1 7,
  • Yung-Po Liaw 3 4

 

  • 1School of Medicine, Chung Shan Medical University, Taichung 40201, Taiwan.
  • 2Department of Cardiovascular Surgery, Asia University Hospital, Taichung 41354, Taiwan.
  • 3Department of Medical Imaging, Chung Shan Medical University Hospital, Taichung City 40201, Taiwan.
  • 4Department of Public Health and Institute of Public Health, Chung Shan Medical University, Taichung 40201, Taiwan.
  • 5Department of Physical Education, Fu Jen Catholic University, New Taipei 24205, Taiwan.
  • 6Research and Development Center for Physical Education, Health, and Information Technology, Fu Jen Catholic University, New Taipei 24205, Taiwan.
  • 7Division of Nephrology, Department of Internal Medicine, Chung Shan Medical University Hospital, Taichung 40201, Taiwan.

 

  1. 期刊屬性:

《營養學》是一份開放式訪問的同儕評審的科學期刊,發表有關營養學各個方面的評論,定期研究論文和簡短的通訊。它成立於2009年,由MDPI發布。其impact factor於2017年為4.191。

  1. 研究面向與成果:
  • 背景/目的:幾種遺傳因素和生活方式因素之間的複雜相互作用會影響冠心病(CHD)。
  • 方法:我們確定了咖啡消耗量與冠心病(CHD)的tribbles pseudokinase 1(TRIB1)rs17321515變體之間的相互作用。冠心病的數據來自國家健康保險研究數據庫(NHIRD),而基因型數據則來自台灣人體生物資料庫(TWB)數據庫。從鏈接的電子健康記錄數據中,識別出1116名患有冠心病的人,而7853名是對照組。
  • 結果:咖啡的攝入與冠心病風險較低有關。多元調整的優勢比(OR)和95%置信區間(CI)為84(0.72-0.99)。冠心病與TRIB1rs17321515變體的關聯並不顯著。OR(95%CI)為1.01(0.72-0.99)。TRIB1rs17321515與咖啡攝入量之間的冠心病風險存在交互作用(交互作用的p=0.0330)。按rs17321515基因型分層後,僅在GG基因型參與者中,喝咖啡仍然顯著降低了CHD風險(OR,0.62;95%CI,0.45-0.85)。
  • 結論:總之,在台灣成年人中,TRIB1 GG基因型的飲用咖啡與冠心病風險降低顯著相關。

[1] Lin WY, Lin YS, Chan CC, Liu YL, Tsai SJ, Kuo PH. Using Genetic Risk Score Approaches to Infer Whether an Environmental Factor Attenuates or Exacerbates the Adverse Influence of a Candidate Gene. Front Genet. 2020 May 8;11:331. doi: 10.3389/fgene.2020.00331. eCollection 2020. PMID: 32457790 Free PMC article.

[2] Chiang JI, Hanlon P, Li TC, Jani BD, Manski-Nankervis JA, Furler J, Lin CC, Yang SY, Nicholl BI, Thuraisingam S, Mair FS. Multimorbidity, mortality, and HbA1c in type 2 diabetes: A cohort study with UK and Taiwanese cohorts. PLoS Med. 2020 May 7;17(5):e1003094. doi: 10.1371/journal.pmed.1003094. eCollection 2020 May. PMID: 32379755 Free PMC article.

[3] Liu YT, Tantoh DM, Wang L, Nfor ON, Hsu SY, Ho CC, Lung CC, Chang HR, Liaw YP. Interaction between Coffee Drinking and TRIB1 rs17321515 Single Nucleotide Polymorphism on Coronary Heart Disease in a Taiwanese Population. Nutrients. 2020 May 2;12(5):1301. doi: 10.3390/nu12051301. PMID: 32370221 Free PMC article.

(本專欄每周四刊出)

編輯:王澤震


  • 《使用遺傳風險評分方法推斷環境因素是減輕還是加劇了候選基因的不利影響[1]。》
  1. 被引用次數:
  2. 作者:
  • Wan-Yu Lin 1 2,
  • Yu-Shun Lin 1,
  • Chang-Chuan Chan 2 3,
  • Yu-Li Liu 4,
  • Shih-Jen Tsai 5 6 7,
  • Po-Hsiu Kuo 1 2

 

  • 1Institute of Epidemiology and Preventive Medicine, College of Public Health, National Taiwan University, Taipei, Taiwan.
  • 2Department of Public Health, College of Public Health, National Taiwan University, Taipei, Taiwan.
  • 3Institute of Environmental and Occupational Health Sciences, College of Public Health, National Taiwan University, Taipei, Taiwan.
  • 4Center for Neuropsychiatric Research, National Health Research Institutes, Miaoli, Taiwan.
  • 5Department of Psychiatry, Taipei Veterans General Hospital, Taipei, Taiwan.
  • 6Division of Psychiatry, National Yang-Ming University, Taipei, Taiwan.
  • 7Institute of Brain Science, National Yang-Ming University, Taipei, Taiwan.

 

  1. 期刊屬性:

《遺傳學前沿》發表了嚴格的同儕評審研究,涉及與人類、植物、牲畜和其他模型生物等生活所有領域有關的基因和基因組。其impact factor與2019/2020為3.360。

 

  1. 研究面向與成果:
  • 背景/目的:據報導,一些候選基因與復雜性狀相關,例如體重指數(BMI)上的脂肪量和肥胖相關(FTO)基因以及血壓水平上的成纖維細胞生長因子5(FGF5)基因。有趣的是要知道環境因素(E)是否可以減弱或加劇候選基因的不利影響。
  • 方法:為此,我們在這裡評估「遺傳風險評分(GRS)」方法檢測「基因與環境的相互作用(G×E)」的性能。在第一階段,根據候選基因中變體的基因型計算GRS。在第二階段,我們測試E是否可以顯著改變GRS效應。這個分為兩步的過程不僅可以為G×E檢驗提供p值,而且可以指導推斷E如何修飾基因的不利影響。通過系統的仿真,我們比較了構建GRS的幾種方法。如果E加劇了基因的不利影響,建議使用由彈性網(ENET)或最小絕對收縮和選擇算子(LASSO)形成的GRS。但是,如果E減弱了基因的不利影響,則ENET或LASSO的性能將受到損害,在這種情況下使用嶺回歸(RIDGE)可能會更有效。
  • 結果:將RIDGE應用於台灣人體生物資料庫中的18424位受試者,我們發現進行定期運動可以減輕FTO基因對四種肥胖的不良影響:BMI(p=0.0009)、體脂百分比(p=0.0031)、腰圍(p=0.0052)和臀圍(p=0.0001)。作為另一個例子,我們使用RIDGE,發現FGF5基因對漢族人的血壓具有更強的影響,腰臀比更高[舒張壓(DBP)為p=0.0013,收縮壓為p=0.0027(SBP)]。
  • 結論:這項研究對GRS方法進行了評估,這對於推斷E是否減弱或加劇候選基因的不利影響非常重要。

 

  • 《2型糖尿病的多發病率、死亡率和HbA1c:一項英國和台灣人群的cohort study[2]。》
  1. 被引用次數:
  2. 作者:
  • Jason I Chiang 1,
  • Peter Hanlon 2,
  • Tsai-Chung Li 3,
  • Bhautesh Dinesh Jani 2,
  • Jo-Anne Manski-Nankervis 1,
  • John Furler 1,
  • Cheng-Chieh Lin 4,
  • Shing-Yu Yang 3,
  • Barbara I Nicholl 2,
  • Sharmala Thuraisingam 1,
  • Frances S Mair 2
  1. 期刊屬性:

《公共科學圖書館:醫學》是一份每週一次的同儕評審醫學期刊,涵蓋醫學科學的各個方面。它於2004年10月19日開始運作,是非營利性開放訪問出版商Public Library of Science的第二本期刊。PLOS Medicine中的所有內容均在Creative Commons「按屬性」許可下發布。其impact factor於2019年為10.500。

  1. 研究面向與成果:
  • 背景/目的:人們越來越關注2型糖尿病(T2D)的多發病率,它可以是一致的(與T2D相關)或不一致的(無關),作為理解T2D中疾病負擔的一種方式。當前的糖尿病指南承認多發病的複雜性,應根據病人的個人臨床需要和合併症進行管理。然而,儘管已在某種程度上研究了多發病率,糖化血紅蛋白(HbA1c)與T2D病人死亡率之間的關聯,但仍存在巨大差距,尤其是在多發病率的不同模式(包括一致和不一致的疾病)方面。
  • 方法:這項研究探討了多發病率(總病情計數/一致/不一致/病情的不同組合),基線HbA1c和T2D的全因死亡率之間的關聯。方法和發現:我們使用英國生物庫(n=20,569)和台灣國家糖尿病護理管理計劃(ndaCMP)(n=59,657)研究了兩個T2D病人的longitudinal cohorts。除了T2D之外,還使用條件的數量來量化總的多發病率,一致和不一致的計數,並且還研究了條件的不同組合的影響。感興趣的結果是基線HbA1c和全因死亡率。
  • 結果:對於英國生物銀行和台灣NDCMP,平均(SD)年齡分別為2(6.8)歲和60.8(11.3)歲。女性為7,579(36.8%)和31,339(52.5%);體重指數(BMI)中位數(IQR)為30.8(27.7,34.8)kg/m2和25.6(23.5,28.7)kg/m2;目前的吸菸者分別為2,197(10.8%)和9,423(15.8)。在兩個數據集中,增加的總和不一致的多發病率計數與較低的HbA1c和死亡率增加相關。在台灣NDCMP中,與僅具有T2D相比有四個或更多附加條件的人,HbA1c的平均差異(95%CI)為-0.82%(-0.88,-0.76)p<0.001。在英國生物銀行中,與沒有合併症的人相比,患有T2D並有一種,兩種,三種和四種或更多種其他疾病的人的全因死亡率的危險比(HRs)(95%CI)為1.20(0.91-1.56)p<分別為0.001、1.75(1.35-2.27)p<0.001、2.17(1.67-2.81)p<0.001和3.14(2.43-4.03)p<0.001。一致/不一致的情況均與死亡率顯著相關;但是,HR在協調條件下最大。那些具有四個或更多個一致條件的人的死亡率是>5倍(5.83[4.28-7.93]p<0.001)。對於所有多發病率計數,NDCMP的人力資源與UKBiobank的人力資源相似。對於那些除了T2D之外還有兩種疾病的人群,在英國生物銀行中與死亡率最相關的前20種組合中有18種是心血管疾病,而在台灣NDCMP中與頂部2種組合中死亡率最高的是心血管疾病。在英國生物銀行中,除了T2D以外,冠心病和心力衰竭的組合對死亡率的影響最大,HR(95%CI)為4.37(3.59-5.32)p<0.001,而在台灣NDCMP中,痛苦狀況和酒精問題的結合對死亡率的影響最大,HR(95%CI)為4.02(3.08-5.23)p<0.001。需要注意的一個局限性是我們在研究期間無法為多發病率的變化建模。
  • 結論:與最高死亡率相關的多發病模式在英國生物銀行(主要由歐洲血統的人組成)與台灣NDCMP(主要是華裔)之間有所不同。未來的研究應探索多種疾病發病率增加與HbA1c降低以及T2D病人死亡率增加之間所觀察到的關係的基礎,並進一步研究不同種族的不同發病率模式的影響。更好地了解這些問題,尤其是條件類型的影響,將可以使護理更加有效地個性化。

 

  • 《台灣人群中喝咖啡和TRIB1 rs17321515單核苷酸多態性與冠心病的相互作用[3]。》
  1. 被引用次數:
  2. 作者:
  • Yin-Tso Liu 1 2,
  • Disline Manli Tantoh 3 4,
  • Lee Wang 4,
  • Oswald Ndi Nfor 4,
  • Shu-Yi Hsu 4,
  • Chien-Chang Ho 5 6,
  • Chia-Chi Lung 4,
  • Horng-Rong Chang 1 7,
  • Yung-Po Liaw 3 4

 

  • 1School of Medicine, Chung Shan Medical University, Taichung 40201, Taiwan.
  • 2Department of Cardiovascular Surgery, Asia University Hospital, Taichung 41354, Taiwan.
  • 3Department of Medical Imaging, Chung Shan Medical University Hospital, Taichung City 40201, Taiwan.
  • 4Department of Public Health and Institute of Public Health, Chung Shan Medical University, Taichung 40201, Taiwan.
  • 5Department of Physical Education, Fu Jen Catholic University, New Taipei 24205, Taiwan.
  • 6Research and Development Center for Physical Education, Health, and Information Technology, Fu Jen Catholic University, New Taipei 24205, Taiwan.
  • 7Division of Nephrology, Department of Internal Medicine, Chung Shan Medical University Hospital, Taichung 40201, Taiwan.

 

  1. 期刊屬性:

《營養學》是一份開放式訪問的同儕評審的科學期刊,發表有關營養學各個方面的評論,定期研究論文和簡短的通訊。它成立於2009年,由MDPI發布。其impact factor於2017年為4.191。

  1. 研究面向與成果:
  • 背景/目的:幾種遺傳因素和生活方式因素之間的複雜相互作用會影響冠心病(CHD)。
  • 方法:我們確定了咖啡消耗量與冠心病(CHD)的tribbles pseudokinase 1(TRIB1)rs17321515變體之間的相互作用。冠心病的數據來自國家健康保險研究數據庫(NHIRD),而基因型數據則來自台灣人體生物資料庫(TWB)數據庫。從鏈接的電子健康記錄數據中,識別出1116名患有冠心病的人,而7853名是對照組。
  • 結果:咖啡的攝入與冠心病風險較低有關。多元調整的優勢比(OR)和95%置信區間(CI)為84(0.72-0.99)。冠心病與TRIB1rs17321515變體的關聯並不顯著。OR(95%CI)為1.01(0.72-0.99)。TRIB1rs17321515與咖啡攝入量之間的冠心病風險存在交互作用(交互作用的p=0.0330)。按rs17321515基因型分層後,僅在GG基因型參與者中,喝咖啡仍然顯著降低了CHD風險(OR,0.62;95%CI,0.45-0.85)。
  • 結論:總之,在台灣成年人中,TRIB1 GG基因型的飲用咖啡與冠心病風險降低顯著相關。

[1] Lin WY, Lin YS, Chan CC, Liu YL, Tsai SJ, Kuo PH. Using Genetic Risk Score Approaches to Infer Whether an Environmental Factor Attenuates or Exacerbates the Adverse Influence of a Candidate Gene. Front Genet. 2020 May 8;11:331. doi: 10.3389/fgene.2020.00331. eCollection 2020. PMID: 32457790 Free PMC article.

[2] Chiang JI, Hanlon P, Li TC, Jani BD, Manski-Nankervis JA, Furler J, Lin CC, Yang SY, Nicholl BI, Thuraisingam S, Mair FS. Multimorbidity, mortality, and HbA1c in type 2 diabetes: A cohort study with UK and Taiwanese cohorts. PLoS Med. 2020 May 7;17(5):e1003094. doi: 10.1371/journal.pmed.1003094. eCollection 2020 May. PMID: 32379755 Free PMC article.

[3] Liu YT, Tantoh DM, Wang L, Nfor ON, Hsu SY, Ho CC, Lung CC, Chang HR, Liaw YP. Interaction between Coffee Drinking and TRIB1 rs17321515 Single Nucleotide Polymorphism on Coronary Heart Disease in a Taiwanese Population. Nutrients. 2020 May 2;12(5):1301. doi: 10.3390/nu12051301. PMID: 32370221 Free PMC article.