【專欄】臺灣人體生物資料庫近年釋出成果2021綜整(十二) | 社團法人台灣人體生物資料庫學會
(本專欄每周四刊出) 編輯:王澤震 《台灣成年人血液中SOX
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社團法人台灣人體生物資料庫學會
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【專欄】臺灣人體生物資料庫近年釋出成果2021綜整(十二)

【專欄】臺灣人體生物資料庫近年釋出成果2021綜整(十二)
學術報導

(本專欄每周四刊出)

編輯:王澤震


  • 《台灣成年人血液中SOX2啟動子甲基化與運動和PM 2.5暴露的關係[1]。》
  1. 被引用次數:
  2. 作者:
  • Chun-Lang Su 1 2 3,
  • Disline Manli Tantoh 1 4,
  • Ying-Hsiang Chou 5 6 7,
  • Lee Wang 1,
  • Chien-Chang Ho 8,
  • Pei-Hsin Chen 1,
  • Kuan-Jung Lee 1,
  • Oswald Ndi Nfor 1,
  • Shu-Yi Hsu 1,
  • Wen-Miin Liang 9,
  • Yung-Po Liaw 1 4

 

  • 1Department of Public Health and Institute of Public Health, Chung Shan Medical University, Taichung 40201, Taiwan.
  • 2School of Medicine, Chung Shan Medical University, Taichung 40201, Taiwan.
  • 3Department of Physical Medicine and Rehabilitation, Yuan Sheng Hospital, Yuanlin 510, Taiwan.
  • 4Department of Medical Imaging, Chung Shan Medical University Hospital, Taichung 40201, Taiwan.
  • 5Department of Radiation Oncology, Chung Shan Medical University Hospital, Taichung 40201, Taiwan.
  • 6School of Medical Imaging and Radiological Sciences, Chung Shan Medical University, Taichung 40201, Taiwan.
  • 7Institute of Medicine, Chung Shan Medical University, Taichung 40201, Taiwan.
  • 8Department of Physical Education, Fu Jen Catholic University, New Taipei 24205, Taiwan.
  • 9Department of Health Services Administration, China Medical University, Taichung40402, Taiwan.

 

  1. 期刊屬性:

《癌症》是由MDPI出版的同行評議,開放訪問的醫學雜誌,涵蓋所有腫瘤學領域。主編是Samuel C. Mok。愛爾蘭癌症研究協會和信號轉導協會是附屬協會。其impact factor於2019年為6.126。

  1. 研究面向與成果:
  • 背景/目的:運動在受污染地區增加通風會觸發呼吸道炎症。
  • 方法:我們評估了台灣成年人中與運動和5相關的SOX2啟動子區域的血液DNA甲基化。從台灣人體生物資料庫庫數據庫(2008-2015)和空氣質量監測數據庫(2006-2011)中檢索了948位30-70歲參與者的數據。
  • 結果:5與SOX2啟動子甲基化呈正相關(β=0.000216;p<0.0001)。PM2.5和運動之間對SOX2啟動子甲基化的相互作用很顯著(p=0.0146)。根據運動習慣進行分層後,只有定期運動的個體中PM2.5與SOX2甲基化呈正相關(β=0.0003490;p<0.0001)。根據運動習慣和居住區分層後,居住在南部地區的人的常規運動(β=0.00272;p=0.0172)和無常規運動組(β=0.002610和p=0.0162)。生活在北部地區並定期鍛煉的人的SOX2啟動子甲基化水平較低;β=-0.00314(p=0.0036)。總之,參加定期運動的參與者中PM2.5與SOX2啟動子甲基化呈正相關。
  • 結論:無論運動習慣如何,生活在南部地區與SOX2啟動子甲基化呈正相關。

 

  • 《素食與定期運動:對台灣成年人中高密度脂蛋白膽固醇水平的影響[2]。》
  1. 被引用次數:
  2. 作者:
  • Shu-Lin Chang 1,
  • Kuan-Jung Lee 2,
  • Oswald Ndi Nfor 2,
  • Pei-Hsin Chen 2,
  • Wen-Yu Lu 2,
  • Chien Chang Ho 3 4,
  • Chia-Chi Lung 2,
  • Ming-Chih Chou 1,
  • Yung-Po Liaw 2 5

 

  • 1Institute of Medicine, Chung Shan Medical University, Taichung City 40201, Taiwan.
  • 2Department of Public Health and Institute of Public Health, Chung Shan Medical University, Taichung City 40201, Taiwan.
  • 3Department of Physical Education, Fu-Jen Catholic University, New Taipei City 24205, Taiwan.
  • 4Research and Development Center for Physical Education, Health and Information Technology, Fu-Jen Catholic University, New Taipei City 24205, Taiwan.
  • 5Department of Medical Imaging, Chung Shan Medical University Hospital, Taichung City 40201, Taiwan.

 

  1. 期刊屬性:

Medicina(ISSN 1010­660X)自1920年出版以來,是與立陶宛醫學協會、維爾紐斯大學、裡加斯特拉迪什大學、拉脫維亞大學和拉脫維亞大學合作發行的立陶宛衛生科學大學同儕評審科學期刊由MDPI在第54卷第1期(2018)在線發布的Tartu的文章。從2019年1月起,該期刊將每月出版一次。其impact factor於2019年為1.500。

  1. 研究面向與成果:
  • 背景/目的:高密度脂蛋白膽固醇(HDL-C)對於改善動脈粥樣硬化性心血管疾病的風險評估非常重要。我們調查了雜食和多種素食與運動對HDL-C的影響。
  • 方法:將年齡為30-70歲的9588名生物庫參與者(4025名鍛煉者和5563名非鍛煉者)的歷史數據分類為雜食者(n=8589),前素食者(n=544),乳-卵素食者(n=417)。)和嚴格的素食者(n=38)。我們使用多元線性回歸進行分析。
  • 結果:與非運動者相比,運動者的HDL-C水平更高。與雜食者相比,嚴格素食者的HDL-C水平降低(β=-5.705;p=0.001),其次是乳卵素食者(β=-3.900;p<0.001)和前素食者(β=-0.329;p=0.475)。趨勢檢驗顯著(p<0.001)。通過運動方式進行分類後,嚴格素食者的β值為-13.984,乳卵素食者的β值為-4.419,舊素食者的β值為-1.864(p<0.05)。飲食與運動之間存在相互作用(p=0.009)。經常運動的雜食者的HDL-C明顯較高,而經常運動的嚴格素食者的HDL-C顯著降低。
  • 結論:總而言之,考慮到對HDL-C的負面影響,嚴格的素食飲食加上規律的運動可能不會成為日常生活中要採取的健康行為。

 

  • 《台灣人口的高分辨率HLA歸因系統:台灣人體生物資料庫研究[3]。》
  1. 被引用次數:
  2. 作者:
  • Yu-Han Huang # 1,
  • Seik-Soon Khor # 2,
  • Xiuwen Zheng 3,
  • Hsuan-Yu Chen 4,
  • Ya-Hsuan Chang 4,
  • Hou-Wei Chu 5,
  • Pei-Ei Wu 5,
  • Yu-Ju Lin 1,
  • Shu-Fen Liao 1 4,
  • Chen-Yang Shen 5,
  • Katsushi Tokunaga 6,
  • Mei-Hsuan Lee 7,
  • HLA & KIR imputation network (HKimp.net)

 

  • 1Institute of Clinical Medicine, National Yang-Ming University, Taipei, Taiwan.
  • 2Department of Human Genetics, Graduate School of Medicine, the University of Tokyo, Toyo, Japan.
  • 3Department of Biostatistics, University of Washington, Seattle, WA, USA.
  • 4Institute of Statistical Science, Academia Sinica, Taipei, Taiwan.
  • 5Institute of Biomedical Sciences, Academia Sinica, Taipei, Taiwan.
  • 6Department of Human Genetics, Graduate School of Medicine, the University of Tokyo, Toyo, Japan. tokunaga@m.u-tokyo.ac.jp.
  • 7Institute of Clinical Medicine, National Yang-Ming University, Taipei, Taiwan. meihlee@ntu.edu.tw.

#Contributed equally.

 

  1. 期刊屬性:

《藥物基因組學雜誌》是一份涵蓋藥物基因組學的季度同儕評審醫學雜誌。它成立於2001年,由自然出版集團(Nature Publishing Group)出版。主編是Julio Licinio。其impact factor於2019年為2.910。

  1. 研究面向與成果:
  • 背景/目的:人類白細胞抗原(HLA)的imputation algorithm有助於探索新型疾病關聯。但是,針對特定人群的HLA估算參考對於實現較高的估算精度至關重要。
  • 方法:在這項研究中,來自台灣人體生物資料庫(TWB)的1012個人中的一部分接受了全基因組SNP陣列和基於NGS的HLA分型,以建立台灣HLA歸因參考。使用HIBAG軟件包以兩場和三場分辨率生成八個HLA位點的插補參考。進行內部驗證以評估每個HLA基因的調用閾值和準確性。通過估算的HLA等位基因在本研究中驗證了與類風濕性關節炎(RA)相關的HLAII類基因。
  • 結果:我們的台灣特定人群參考文獻在兩場分析中實現了平均HLA估算準確度為11%,在三場分析中達到了98.08%。在等位基因頻率網數據庫中,一般台灣人中23,972名TWB受試者中估算HLA等位基因的頻率分佈與基於PCR的HLA等位基因相當。我們複製了四個與RA顯著相關的常見HLA等位基因(HLA-DRB1*03:01,DRB1*04:05,DQA1*03:03和DQB1*04:01)。
  • 結論:特定於人群的參考資料為大規模人群研究中研究HLA變異與人類疾病之間的聯繫提供了資訊工具。

[1] Su CL, Tantoh DM, Chou YH, Wang L, Ho CC, Chen PH, Lee KJ, Nfor ON, Hsu SY, Liang WM, Liaw YP. Blood-Based SOX2-Promoter Methylation in Relation to Exercise and PM2.5 Exposure among Taiwanese Adults. Cancers (Basel). 2020 Feb 21;12(2):504. doi: 10.3390/cancers12020504. PMID: 32098209 Free PMC article.

[2] Chang SL, Lee KJ, Nfor ON, Chen PH, Lu WY, Ho CC, Lung CC, Chou MC, Liaw YP. Vegetarian Diets along with Regular Exercise: Impact on High-Density Lipoprotein Cholesterol Levels among Taiwanese Adults. Medicina (Kaunas). 2020 Feb 13;56(2):74. doi: 10.3390/medicina56020074. PMID: 32069944 Free PMC article.

[3] Huang YH, Khor SS, Zheng X, Chen HY, Chang YH, Chu HW, Wu PE, Lin YJ, Liao SF, Shen CY, Tokunaga K, Lee MH; HLA & KIR imputation network (HKimp.net). A high-resolution HLA imputation system for the Taiwanese population: a study of the Taiwan Biobank. Pharmacogenomics J. 2020 Oct;20(5):695-704. doi: 10.1038/s41397-020-0156-3. Epub 2020 Feb 11. PMID: 32042094

(本專欄每周四刊出)

編輯:王澤震


  • 《台灣成年人血液中SOX2啟動子甲基化與運動和PM 2.5暴露的關係[1]。》
  1. 被引用次數:
  2. 作者:
  • Chun-Lang Su 1 2 3,
  • Disline Manli Tantoh 1 4,
  • Ying-Hsiang Chou 5 6 7,
  • Lee Wang 1,
  • Chien-Chang Ho 8,
  • Pei-Hsin Chen 1,
  • Kuan-Jung Lee 1,
  • Oswald Ndi Nfor 1,
  • Shu-Yi Hsu 1,
  • Wen-Miin Liang 9,
  • Yung-Po Liaw 1 4

 

  • 1Department of Public Health and Institute of Public Health, Chung Shan Medical University, Taichung 40201, Taiwan.
  • 2School of Medicine, Chung Shan Medical University, Taichung 40201, Taiwan.
  • 3Department of Physical Medicine and Rehabilitation, Yuan Sheng Hospital, Yuanlin 510, Taiwan.
  • 4Department of Medical Imaging, Chung Shan Medical University Hospital, Taichung 40201, Taiwan.
  • 5Department of Radiation Oncology, Chung Shan Medical University Hospital, Taichung 40201, Taiwan.
  • 6School of Medical Imaging and Radiological Sciences, Chung Shan Medical University, Taichung 40201, Taiwan.
  • 7Institute of Medicine, Chung Shan Medical University, Taichung 40201, Taiwan.
  • 8Department of Physical Education, Fu Jen Catholic University, New Taipei 24205, Taiwan.
  • 9Department of Health Services Administration, China Medical University, Taichung40402, Taiwan.

 

  1. 期刊屬性:

《癌症》是由MDPI出版的同行評議,開放訪問的醫學雜誌,涵蓋所有腫瘤學領域。主編是Samuel C. Mok。愛爾蘭癌症研究協會和信號轉導協會是附屬協會。其impact factor於2019年為6.126。

  1. 研究面向與成果:
  • 背景/目的:運動在受污染地區增加通風會觸發呼吸道炎症。
  • 方法:我們評估了台灣成年人中與運動和5相關的SOX2啟動子區域的血液DNA甲基化。從台灣人體生物資料庫庫數據庫(2008-2015)和空氣質量監測數據庫(2006-2011)中檢索了948位30-70歲參與者的數據。
  • 結果:5與SOX2啟動子甲基化呈正相關(β=0.000216;p<0.0001)。PM2.5和運動之間對SOX2啟動子甲基化的相互作用很顯著(p=0.0146)。根據運動習慣進行分層後,只有定期運動的個體中PM2.5與SOX2甲基化呈正相關(β=0.0003490;p<0.0001)。根據運動習慣和居住區分層後,居住在南部地區的人的常規運動(β=0.00272;p=0.0172)和無常規運動組(β=0.002610和p=0.0162)。生活在北部地區並定期鍛煉的人的SOX2啟動子甲基化水平較低;β=-0.00314(p=0.0036)。總之,參加定期運動的參與者中PM2.5與SOX2啟動子甲基化呈正相關。
  • 結論:無論運動習慣如何,生活在南部地區與SOX2啟動子甲基化呈正相關。

 

  • 《素食與定期運動:對台灣成年人中高密度脂蛋白膽固醇水平的影響[2]。》
  1. 被引用次數:
  2. 作者:
  • Shu-Lin Chang 1,
  • Kuan-Jung Lee 2,
  • Oswald Ndi Nfor 2,
  • Pei-Hsin Chen 2,
  • Wen-Yu Lu 2,
  • Chien Chang Ho 3 4,
  • Chia-Chi Lung 2,
  • Ming-Chih Chou 1,
  • Yung-Po Liaw 2 5

 

  • 1Institute of Medicine, Chung Shan Medical University, Taichung City 40201, Taiwan.
  • 2Department of Public Health and Institute of Public Health, Chung Shan Medical University, Taichung City 40201, Taiwan.
  • 3Department of Physical Education, Fu-Jen Catholic University, New Taipei City 24205, Taiwan.
  • 4Research and Development Center for Physical Education, Health and Information Technology, Fu-Jen Catholic University, New Taipei City 24205, Taiwan.
  • 5Department of Medical Imaging, Chung Shan Medical University Hospital, Taichung City 40201, Taiwan.

 

  1. 期刊屬性:

Medicina(ISSN 1010­660X)自1920年出版以來,是與立陶宛醫學協會、維爾紐斯大學、裡加斯特拉迪什大學、拉脫維亞大學和拉脫維亞大學合作發行的立陶宛衛生科學大學同儕評審科學期刊由MDPI在第54卷第1期(2018)在線發布的Tartu的文章。從2019年1月起,該期刊將每月出版一次。其impact factor於2019年為1.500。

  1. 研究面向與成果:
  • 背景/目的:高密度脂蛋白膽固醇(HDL-C)對於改善動脈粥樣硬化性心血管疾病的風險評估非常重要。我們調查了雜食和多種素食與運動對HDL-C的影響。
  • 方法:將年齡為30-70歲的9588名生物庫參與者(4025名鍛煉者和5563名非鍛煉者)的歷史數據分類為雜食者(n=8589),前素食者(n=544),乳-卵素食者(n=417)。)和嚴格的素食者(n=38)。我們使用多元線性回歸進行分析。
  • 結果:與非運動者相比,運動者的HDL-C水平更高。與雜食者相比,嚴格素食者的HDL-C水平降低(β=-5.705;p=0.001),其次是乳卵素食者(β=-3.900;p<0.001)和前素食者(β=-0.329;p=0.475)。趨勢檢驗顯著(p<0.001)。通過運動方式進行分類後,嚴格素食者的β值為-13.984,乳卵素食者的β值為-4.419,舊素食者的β值為-1.864(p<0.05)。飲食與運動之間存在相互作用(p=0.009)。經常運動的雜食者的HDL-C明顯較高,而經常運動的嚴格素食者的HDL-C顯著降低。
  • 結論:總而言之,考慮到對HDL-C的負面影響,嚴格的素食飲食加上規律的運動可能不會成為日常生活中要採取的健康行為。

 

  • 《台灣人口的高分辨率HLA歸因系統:台灣人體生物資料庫研究[3]。》
  1. 被引用次數:
  2. 作者:
  • Yu-Han Huang # 1,
  • Seik-Soon Khor # 2,
  • Xiuwen Zheng 3,
  • Hsuan-Yu Chen 4,
  • Ya-Hsuan Chang 4,
  • Hou-Wei Chu 5,
  • Pei-Ei Wu 5,
  • Yu-Ju Lin 1,
  • Shu-Fen Liao 1 4,
  • Chen-Yang Shen 5,
  • Katsushi Tokunaga 6,
  • Mei-Hsuan Lee 7,
  • HLA & KIR imputation network (HKimp.net)

 

  • 1Institute of Clinical Medicine, National Yang-Ming University, Taipei, Taiwan.
  • 2Department of Human Genetics, Graduate School of Medicine, the University of Tokyo, Toyo, Japan.
  • 3Department of Biostatistics, University of Washington, Seattle, WA, USA.
  • 4Institute of Statistical Science, Academia Sinica, Taipei, Taiwan.
  • 5Institute of Biomedical Sciences, Academia Sinica, Taipei, Taiwan.
  • 6Department of Human Genetics, Graduate School of Medicine, the University of Tokyo, Toyo, Japan. tokunaga@m.u-tokyo.ac.jp.
  • 7Institute of Clinical Medicine, National Yang-Ming University, Taipei, Taiwan. meihlee@ntu.edu.tw.

#Contributed equally.

 

  1. 期刊屬性:

《藥物基因組學雜誌》是一份涵蓋藥物基因組學的季度同儕評審醫學雜誌。它成立於2001年,由自然出版集團(Nature Publishing Group)出版。主編是Julio Licinio。其impact factor於2019年為2.910。

  1. 研究面向與成果:
  • 背景/目的:人類白細胞抗原(HLA)的imputation algorithm有助於探索新型疾病關聯。但是,針對特定人群的HLA估算參考對於實現較高的估算精度至關重要。
  • 方法:在這項研究中,來自台灣人體生物資料庫(TWB)的1012個人中的一部分接受了全基因組SNP陣列和基於NGS的HLA分型,以建立台灣HLA歸因參考。使用HIBAG軟件包以兩場和三場分辨率生成八個HLA位點的插補參考。進行內部驗證以評估每個HLA基因的調用閾值和準確性。通過估算的HLA等位基因在本研究中驗證了與類風濕性關節炎(RA)相關的HLAII類基因。
  • 結果:我們的台灣特定人群參考文獻在兩場分析中實現了平均HLA估算準確度為11%,在三場分析中達到了98.08%。在等位基因頻率網數據庫中,一般台灣人中23,972名TWB受試者中估算HLA等位基因的頻率分佈與基於PCR的HLA等位基因相當。我們複製了四個與RA顯著相關的常見HLA等位基因(HLA-DRB1*03:01,DRB1*04:05,DQA1*03:03和DQB1*04:01)。
  • 結論:特定於人群的參考資料為大規模人群研究中研究HLA變異與人類疾病之間的聯繫提供了資訊工具。

[1] Su CL, Tantoh DM, Chou YH, Wang L, Ho CC, Chen PH, Lee KJ, Nfor ON, Hsu SY, Liang WM, Liaw YP. Blood-Based SOX2-Promoter Methylation in Relation to Exercise and PM2.5 Exposure among Taiwanese Adults. Cancers (Basel). 2020 Feb 21;12(2):504. doi: 10.3390/cancers12020504. PMID: 32098209 Free PMC article.

[2] Chang SL, Lee KJ, Nfor ON, Chen PH, Lu WY, Ho CC, Lung CC, Chou MC, Liaw YP. Vegetarian Diets along with Regular Exercise: Impact on High-Density Lipoprotein Cholesterol Levels among Taiwanese Adults. Medicina (Kaunas). 2020 Feb 13;56(2):74. doi: 10.3390/medicina56020074. PMID: 32069944 Free PMC article.

[3] Huang YH, Khor SS, Zheng X, Chen HY, Chang YH, Chu HW, Wu PE, Lin YJ, Liao SF, Shen CY, Tokunaga K, Lee MH; HLA & KIR imputation network (HKimp.net). A high-resolution HLA imputation system for the Taiwanese population: a study of the Taiwan Biobank. Pharmacogenomics J. 2020 Oct;20(5):695-704. doi: 10.1038/s41397-020-0156-3. Epub 2020 Feb 11. PMID: 32042094